Buenas,
En principio al coxe no le va a pasar nada, no debria ver modificadas sus prestaciones, si es eso lo que te preocupa.
Otra cosa es el tema de los gases de escape. Si el trozo de cerámica que quitan es muy importante, podría darte algún problema porque la sonda lambda detectase más "contaminacion" de lo normal. Y en el caso de la ITV más de lo mismo, aunque en un motor en condiciones normales no deberias tener problemas.
Otro asunto es como te sacan el trozo. Si tienen que cortar el tubo y volver a soldar, ojo con la soldadura, es una posible fuente de problemas en el futuro.
Suerte!