Hola.
Yo tengo un Megane 2005 y funciona así, un pulso= puerta piloto; dos pulsos= todas las puertas y el del maletero.
En este último punto quizá sea cosa del "aprendizaje" de tu tarjeta, porque supongo que con la anterior si funcionaba el pulso del maletero. Esto no descarta que quizá se hubiera dañado el motor, pero ¿si lo abres desde dentro o no?, porque eso no lo comentas. Si no logras abrirlo desde dentro entonces si es fallo del motor, pero si lo abres... es la tarjeta.
Saludos.