Cerce, el intercooler es un radiador, que enfría el aire de admisión una vez comprimido. El motivo es porque el aire caliente ocupa un volumen mayor que el aire frío y de esa manera se puede introducir más aire en los cilindros.
El tema es importante, porque el aire al comprimirse, aumenta la temperatura. No obstante, es uno de los motivos por los que el rendimiento de los turbo es tan sensible a la temperatura y rinden más por ejemplo, en autopista a alta velocidad con tiempo frío, que en un puerto a pleno sol, donde la poca velocidad y la temperatura ambiente, impiden al intercooler rebajar la temperatura de forma adecuada.
Poniendo el intercooler, no creo que logres nada.
Sobre los turbo, aunque ambos sean de geometría variable, no tienen porqué ser ni parecidos, porque unos pueden ser más grandes que otros (piensa que el 1.9 tiene un 30% más de cilindrada y volúmen de aire a llenar), soplar a presiones distintas y tener una válvula de descarga diferente.
Lo más fácil, barato y con garantías, es que le hagas una repro o le cambies la centralita.