No sé si te he entendido bien pero la conexión que se debería de hacer es la siguiente:
De la radio o del ampli (Si es que tienes apli puesto) te llega un cable de audio que conectas a la "entrada" del filtro (por ese cable llega la señal de audio).
De ese filtro sale un cable para el altavoz de 5 pulgadas de la puerta (el cable puede ser el de serie del coche, sin mayor problema, a no ser que esté muy deteriorado)
Del filtro sale un cable que va al tweeter: aqui igual, el cable de serie es totalmente válido.
Lo importante es que los dos altavoces estén conectados al filtro, pues este es el que va a realizar los cortes para que a cada uno llegue el rango de frecuencias adecuadas.
Según cuentas, lo que te han hecho es filtrar el Woofer con su filtro, pero el Tweeter no va filtrado (o por lo menos, no con el filtro pensado para ese tweeter).
Por los graves, desgraciadamente eso va directamente relacionado con el tamaño de la membrana del altavoz: a mayor membrana, frecuencias más bajas puede reproducir.
Como te acaban de comentar, para tener bajos profundos tienes dos opciones: la barata es ponerte unos 6X9 en la bandeja trasera o la opción más correcta es poner un Subwoofer, que es lo que realmente va a reproducirte en condiciones las frecuencias bajas.
Si tienes más dudas, pregunta que entre todos intentaremos aclarartelas.