Eso solo se usa para equipos de altas prestaciones.
Referente a las vías separadas, no te queda otra que poner el filtro, ya que las líneas salen directas de la radio, y en este caso, también conviene anular los tweeters del salpicadero (los altavoces de serie llevan el filtro integrado).
Como toda la señal viene por el mismo cable, tedrías que motar el filtro en la puerta e instalar el tweeter en ella (lo que conlleva desmontar los paneles de las puertas), o bien, aprovechar el cableado de serie instalando el filtro dentro y realizando los empalmes en los cables que salen del ISO de la radio (lo que conlleva localizar cables y alargarlos hasta donde coloques los filtros).
La tercera opción es buscar altavoces con filtro integrado, pero aparte de los Pioneer específicos, creo que no hay gran cosa sin irse a unos precios desorbitados.