No me has dicho si tienes radio de serie también. Supongo que el ampli casero lo has conectado en paralelo a alguna de las salidas de altavoces. Podría tratarse de un fallo en los atavoces traseros, o bien, la radio no aguanta la salida en paralelo del amplificador. Es cuestión de desconectar uno a uno todos los alavoces para encontrar el que falla.