Hola.
A mi con el mio de 80 cv me ha pasado algo parecido, al principio no sonaba absolutamente nada, ahora suena mas a coche de gasoil, pero bueno nada exagerado, al lado de motores TDCI de Ford o CDTI de Opel o HDI (estos algo mejor de peugeot o Citroen) suena menos y mas bonito.
Ten en cuenta ahora el frio, con el frio el coche le cuesta mucho mas calentarse y por lo tanto suena mas, date una vuelta larga, de 20 a 30 minutos conduciendo y a partir de ahí, escucha el motor.
Y no te preocupes, seguro que tu megane está perfec, comprende que el motor se rueda y se suelta, seguramente suene mas pero tambien consigas mejores prestaciones y consumos, por ejem el 1.9 DCI al aldo del mio es un tractor, pero no veas como anda el bicho, nada que ver con mi humilde 1.5 y el consumo de ambos es el mismo.
Saludos y mucha suerte ah¡¡¡ y ante la duda, si tu crees que no es normal, el cliente siempre tiene la razón.