Vamos a ver, yo entiendo que sea una jodienda, y que duela mogollón cuando te toca pagar... pero es que nuestro sistema de renta funciona así (gracias al cual se tiene paro, y seguridad social, y demás...), es decir, si al final del año has ganado tanta pasta entras en un tramo de retención en función de dicha pasta (un porcentaje de tu sueldo bruto), si te han retenido en nómina de más (ya sea en un trabajo, en dos o en treinta y tres) te toca a devolver, si te ha retenido de menos, te toca pagar. Esto es igual para todos.
Cuando tienes varios pagadores (has trabajado en varias empresas) se suele retener en función al dinero que vas a ganar ese año en esa empresa, y como si esa empresa fuera a ser tu única pagadora. Pero esta no suele ser la realidad, por lo que mi recomendación, es que guardéis dinero para la hora de la renta porque en el 99% de los casos toca pagar (lo qe no te han retenido anteriormente).
Siempre podrás decir en tu trabajo que te regularicen la nómina lo más posible para que tu retención sea la más adecuada posible para que cuando hagas la renta te salga a cero (ni pagar, ni devolver).