El motor diesel vibra más y las transmite a todo lo que de alguna u otra manera está enganchado a él.
Cuando el pedal está arriba y, por tanto, el embrague conectado al motor, es normal que notéis esa vibración, igual que lo hace la palanca de cambio o, incluso en algunos coches, el volante. Pero al pisar y desembragar, como ya habéis dicho, se separa del motor y el pedal ya no vibra.
Depende del número de cilindros, si es en línea o en V, etc., pero básicamente saldría muy caro aislar completamente esas vibraciones.
Ahora bien, en el caso de que sean excesivas y se os caigan los dientes al suelo :-A , mirar si todo está bien, soportes de motor, estabilidad de ralentí, etc., por si acaso.
Saludos